Os primeiros habitantes da região do município de Pontes e Lacerda foram os índios do povo nambikwára. Os paulistas devassadores da região, nos primeiros tempos, denominaram esses índios de cabichis ou cavichis.
Hoje em dia a denominação kabixi é utilizada entre os índios do povo paresi, para um grupo da sua própria tribo, que é tratado como antropófago na cultura tribal.
Apesar da dizimação da tribo por preias dos paulistas e problemas da aculturação, ainda hoje uma parte do povo nambikwára mantém vida organizada no município, em área indígena denominada Sararé. Nesta mesma área, em 1987, habitavam 41 índios.
Grande mérito teve o padre Antonio Iási Júnior na estabilização desse área indígena, contribuindo decididamente para superar as crises provocadas por fazendeiros da região sendo necessária à intervenção do exército para a demarcação da reserva.

No tempo histórico escrito a região de Pontes e Lacerda teve movimentação antiga. Acompanhou a movimentação dos garimpos da região de Vila Bela da Santíssima Trindade. No, entretanto, não ficou registro histórico de maior monta.
Em 1906 a região passou a ser objetivo de trabalho da Comissão de Linhas Telegráficas Estratégicas do Mato Grosso ao Amazonas, comumente denominada Comissão Rondon.
Pontes e Lacerda era estação telegráfica na linha variante entre Cáceres ( cidade então denominada São Luís de Cáceres ) e Mato Grosso ( então denominação de Vila Bela da Santíssima Trindade ).
A denominação Pontes e Lacerda é recente, mas tem origem nos nomes dos astrônomos e cartógrafos Antonio Pires da Silva Pontes, que era mineiro e Francisco José de Lacerda e Almeida, que era paulista.

Ambos eram diplomados pela Universidade de Coimbra - Portugal. O binômio Pontes e Lacerda honram os dois astrônomos. Os dois ilustres cartógrafos e astrônomos elaboram em 1874 a primeira carta geográfica dos rios da região, partindo de Vila Bela, rumando para o Rio Jauru. Foram descritos demográfico significativo foi a descoberta do ouro, nos garimpos da Serra de Santa Bárbara e do Caldeirão, aos borbotões.
A Lei Estadual nº 4.167, de 29 de dezembro de 1979, de autoria do deputado Ubiratan Spinelli e sancionada pelo governador Frederico Campos, criou o município de Pontes e Lacerda, com território desmembrado do município de Vila Bela da Santíssima Trindade.
A instalação oficial deu-se somente em janeiro de 1981, ocasião em que tomou posse o Sr. Gercino Rodrigues de Souza, na ocasião de primeiro prefeito municipal nomeado. Dois anos depois entregou o cargo ao Sr. Dionir de Freitas, primeiro prefeito eleito.